Le Continent de la Brume:Alexandrie: La ville où tout commence. C'est un royaume dirigé par la reine Branet. Elle est composée du château, de hauts et de bas quartiers. Il y a donc des classes, respectivement les roturiers et les nobles.
Dali: Un petit village en hauteur qui vivait autrefois de l'agriculture avant de se reconvertir à autre chose que vous découvrirez. Il est situé à côtés des grottes de glace.
Lindblum: Un autre royaume spécialisé dans la confection de vaisseaux. Le roi, Cid, en est le concepteur. La ville est divisée en trois quartiers: le quartier marchand, le quartier théâtral, et le quartier ouvrier. On peut s'y rendre grâce a Taxair, une sorte de taxi des airs, comme son nom l'indique. En dehos des quartiers, on peut se rendre aussi au château de Lindlum qui se trouve plus en hauteur et qui est divisé lui-même en deux parties reliées par un ascenseur. En-dessous de la ville se trouve un sous-sol permettant d'aller sur la carte du monde.
Bloumécia: Un royaume un peu reculé, où la pluie est presque quasi quotidienne. C'est dans cette région que vivent des espèces de rats anthropomorphiques. Ces derniers sont habitués à la ville. Il existe aussi des chevaliers dragons à travers cette race. Ce sont des vagabonds qui parcourent le monde. Ils sont peu nombreux.
Tréno: La ville de la nuit dans FF IX. Elle se compose des quartiers nobles, qui est le plus imposant, et des quartiers rassemblant les pauvres. On y trouve un local pour combattre des créatures, et une maison abritant une noble à la recherche d'objets particuliers. Mais les deux bâtiments les plus intéressants resteront sans doute la salle des enchères et le bâtiment du tournoi de Tétra Master, le jeu de cartes de Final Fantasy IX.
Cleyra: Un village situé dans un arbre géant et protégé par la magie. A la différence de leurs congénères de Bloumécia, les rats de Cleyra sont restés proches de la nature et de la magie, leurs sorts étant donc plus puissants que les blouméciens.
Le Continent Extérieur:Village de Condéa: Un village où vit une tribu des Kwe. Ils ont leur propre culture. C'est aussi ici que se trouve la passe de Condéa, chemain permettant de rejoindre Madahine-Salee et l'arbre Iifa.
Village des mages noirs: Un village reculé au coeur de la forêt et protégé par une illusion empêchant quiconque d'entrer si la personne ne connaît pas le secret permettant de résoudre l'énigme. Il y abrite des mages noirs conscients comme Bibi.
Mdahine-salee: Un village en ruines, aussi nommé le village des Invokeurs. C'est le berceau de ceux pouvant appeler les chimères. C'est aussi là que vit Eiko, entourée de Mogs.
Palais du désert: Un palais situé en-dessous du désert et demeure de Kuja.
Le Continent Oublié:Euyevair: Une ville (ou plutôt une sorte de temple) abandonnée où la magie est proscrite à cause d'un sort. Elle y abrite des informations importantes lors de l'aventure.
Le château d'Ypsen: Un château à une particularité intéressante: il est renversé. De ce fait, les dégâts le sont aussi. C'est là que se trouvent les miroirs permettant d'aller à Terra, l'autre monde.
Le Continent Perdu:Gaza Est: Un coin reculé -et sans doute le seul habité- du continent. C'est un petit village avec très peu d'habitants qui invitent à la prière. Il mène au Pic de Goulg, une sorte de mine.
L'île de Shimmering: C'est le "pont" entre Héra, le monde où se déroule la majeure partie du périple, et Terra, monde à part, endormi et n'abritant qu'une seule ville: Branval, qui détient des clés importantes du scénario.